Isoflavone in Soja wirken leicht östrogenartig – Studien zeigen jedoch bei normalem Konsum keinen negativen Effekt auf Hormonsystem oder Brustkrebs. Bei Schilddrüsenunterfunktion kann Soja die Jodaufnahme hemmen – ausreichend Jod sicherstellen.
Soja ist ein EU-Hauptallergen. Kreuzreaktionen mit Birkenpollen möglich. Bei Histaminintoleranz kann fermentierter Tofu Probleme bereiten.