Sauerkraut enthält aufgrund des Salzungsprozesses relativ viel Natrium. Menschen mit Bluthochdruck oder Nierenerkrankungen sollten den Verzehr begrenzen.
Durch die Fermentation kann Sauerkraut Histamin enthalten. Bei Histaminunverträglichkeit können Beschwerden wie Kopfschmerzen oder Hautreaktionen auftreten.
Sauerkraut enthält FODMAPs, die bei Reizdarm-Syndrom oder FODMAP-Intoleranz zu Blähungen und Bauchschmerzen führen können.